En 1942, Larence Pritchard Waterhouse, genio matemático y joven capitán de la Marina estadounidense, es asignado a colaborar con Bobby Shaftoe en una misión secreta que consiste en descifrar los códigos de las potencias del Eje. De este modo se pretende evitar que los nazis perciban que la Inteligencia aliada ha descubierto el sistema de cifrado de su mítico código Enigma.

Sesenta años más tarde, Randy Waterhouse, brillante «criptohacker», proyecta la creación en el Sureste asiático de un paraíso de datos y el mayor exponente de la libertad informática: la Cripta. Cuando los gobiernos y las multinacionales atacan este proyecto, Randy se alía con Amy, la nieta de Shaftoe, para intentar rescatar un submarino nazi hundido en el que se encuentra la clave para mantener a flote el sueño de la Cripta.